1.课题介绍

山东农业大学生物数据库是利用生物性状，生物照片，生物基因组、表达组、代谢组、甲基化、基因芯片序列等数据，借助生物信息学和大数据的方法，通过数据分析与整理，构建面向所有科研工作者完全开放的系列实用生物数据库平台（http://biodb.sdau.edu.cn/database/）。目前，本数据库中包含原始生物数据3T（约3000G），有植物、动物、微生物等200多个物种信息，并构建了植物内含子多态性与微卫星联合标记数据库、烟草遗传育种数据库、水稻白叶枯与细条病全基因组关联标记数据库、禾本科微卫星数据库、烟草单核苷酸多态性数据库、植物选择性剪切位点数据库、小麦寄主与病原互作数据库、烟草寄主与病原互作数据库、单核苷酸多态性分析数据库等多个专业子数据库平台。随着现代生物和信息技术的发展，生物数据也成指数型增长，本数据库平台将会实时更新和补充，为我国生物研究和植物遗传育种提供精准有力的数据支持。

2.专家介绍

杨龙

3.科研成果

   1.植物内含子多态性与微卫星联合标记数据库（PSID）
    植物中广泛分布着内含子多态性标记与微卫星标记，两种标记在整个基因组上均匀分布，交替出现。本数据包括200多个植物物种的两种标记详细信息，以及在线设计两种标记的相关工具。

   2.烟草遗传育种数据库（TGB）
    烟草遗传育种数据库由烟草种质资源库、烟草分子标记库和应用库三部分组成。种质资源库中有1472份烟草种质资源的详细信息，分子标记库中包括烟草内含子多态性标记与微卫星标记，应用库中有烟草遗传图谱与转基因烟草的操作流程。此外，本数据库中还有在线比对和在线开发标记的实用工具。

    3.水稻白叶枯与细条病全基因组关联标记数据库（GMGM）
    水稻白叶枯与细条病是水稻的两种主要病害，经分析发现两者的基因组相似程度达到90%左右。通过全基因组比对，找到了两者差异区段，设计了能快速鉴定和区分两者的显性标记与共显性标记，进而用30个不同病原小种做了分子生物鉴定，所有结果均在本数据库中可以查询与使用。此外，数据库中还包含一些实用工具。

    4.禾本科微卫星数据库（PSSRD）
    禾本科包含主要粮食作物，利用公共数据库中一直序列，查找到11,993,943简单重复序列位点，基于这些位点设计了6,799,910微卫星标记。本数据库提供一个禾本科微卫星平台，为分子标记应用，基因定位和育种服务。

    5.烟草单核苷酸多态性数据库（PNSNP）
    单核苷酸多态性大量存在且广泛分布在整个基因组中，本数据库是烟草单核苷酸多态性在线查找与分析的数据库。

    6.植物选择性剪切位点数据库（PASJ）
    通过一定的算法，借助比较基因组学的方法，可以找到植物选择性剪切位点。本数据包括21种已经完全测序的模式植物和248种部分表达序列标签已知的非模式植物的全部选择性剪切位点信息，用户还可以在线查找提交序列的潜在的选择性剪切位点。

    7.小麦寄主与病原互作数据库（WPID）
    本数据库包含小麦主要病原的寄主库，病原库，寄主与病原互作库。寄主库中包括小麦近缘物种的基因组及其表达序列信息，用户可以在线比对近缘序列信息。病原库包括感染小麦的细菌、病毒、线虫、真菌和寄生植物信息。互作库包括现阶段已经验证了致病基因及与之相对应的无毒基因，和一些致病途径及抗病途径。

    8.烟草寄主与病原互作数据库（TPID）
    烟草是一种模式植物，与之相关的病原在茄科植物中均有体现。构建烟草寄主与病原数据库，搭建一个研究茄科病原寄主与相关病原互作及协同进化的平台。

    9.单核苷酸多态性分析数据库（BLATSNP）

随着测序深入及高通量测序的普及，单核苷酸多态性越来越容易获得。本数据库是一个快捷，简便，高效查找与分析单核苷酸多态性实用工具。

4.图说数据

5.系统（平台）的链接。

生物数据库平台 http://biodb.sdau.edu.cn